ত্রয়োদশ জাতীয় সংসদ নির্বাচনে প্রচার-প্রচারণায় ব্যাপক উপস্থিতি জানান দিলেও ভোটের ফলাফলে আশানুরূপ সাফল্য পায়নি ইসলামী আন্দোলন বাংলাদেশ। ২৫৩টি আসনে প্রার্থী দিয়ে দলটি মাত্র একটিতে জয়লাভ করেছে। সবচেয়ে আলোচিত বিষয় ছিল চরমোনাই পীর ও দলটির আমির মুফতি সৈয়দ রেজাউল করীমের তিন ভাইয়ের হার। তাঁদের মধ্যে একজনের জামানত পর্যন্ত বাজেয়াপ্ত হয়েছে।

ইসলামী আন্দোলনের জ্যেষ্ঠ নায়েবে আমির সৈয়দ ফয়জুল করীম বরিশাল-৫ ও বরিশাল-৬ আসনে প্রতিদ্বন্দ্বিতা করেছিলেন। বরিশাল-৫ (সদর-সিটি করপোরেশন) আসনে তিনি ৯৩ হাজার ৫২৮ ভোট পেয়ে দ্বিতীয় হয়েছেন। এখানে বিএনপির প্রার্থী মজিবর রহমান সরোয়ার ১ লাখ ৩১ হাজার ৪৩১ ভোট পেয়ে বিজয়ী হন। অন্যদিকে, বরিশাল-৬ (বাকেরগঞ্জ) আসনে ফয়জুল করীম হয়েছেন তৃতীয়। এখানে তিনি পান ২৮ হাজার ৮২৩ ভোট, যেখানে বিজয়ী বিএনপি প্রার্থী আবুল হোসেন খান পান ৮১ হাজার ৮৭ ভোট।

বরিশাল-৪ (হিজলা-মেহেন্দীগঞ্জ) আসনে চরমোনাই পীরের মেজ ভাই সৈয়দ ইছহাক মুহাম্মদ আবুল খায়ের ৩৬ হাজার ৭৫৩ ভোট পেয়ে তৃতীয় হয়েছেন। এ আসনে ১ লাখ ২৮ হাজার ৩২২ ভোট পেয়ে জয়ী হন বিএনপির প্রার্থী রাজীব আহসান।

সবচেয়ে বড় ধাক্কা এসেছে ঢাকা-৪ আসনে। এখানে পীরের আরেক ভাই মাওলানা সৈয়দ মোসাদ্দেক বিল্লাহ ‘হাতপাখা’ প্রতীকে পেয়েছেন মাত্র ৬ হাজার ৫১৮ ভোট। জামায়াতে ইসলামীর প্রার্থী সৈয়দ জয়নুল আবেদীন (৭৭,৩৬৭ ভোট) ও বিএনপির তানভীর আহমেদের (৭৪,৪৪৭ ভোট) হাড্ডাহাড্ডি লড়াইয়ের মধ্যে মোসাদ্দেক বিল্লাহর জামানত বাজেয়াপ্ত হয়েছে।

পিরোজপুর-৩ আসনে সাবেক এমপি রুস্তম আলী ফরাজী এবং পটুয়াখালী-৪ আসনে বিএনপি থেকে আসা মোস্তাফিজুর রহমানও জয়ের মুখ দেখেননি। বরিশাল বিভাগের বড় আসনগুলোর মধ্যে কেবল বরগুনা-১ আসনে জয় পেয়েছে দলটি।

বরিশালের রাজনৈতিক বিশ্লেষকদের মতে, জামায়াত ও ইসলামী আন্দোলনের জোট ভেঙে যাওয়া এবং দুই দলের ভোট ভাগ হয়ে যাওয়ার বড় সুবিধা পেয়েছে বিএনপি। সুশাসনের জন্য নাগরিক (সুজন), বরিশাল নগর কমিটির সাধারণ সম্পাদক রফিকুল আলম প্রথম আলোকে বলেন, "চরমোনাই দরবারের ধর্মীয় ও সামাজিক প্রভাব দীর্ঘদিনের হলেও তা এখনো কার্যকর সংসদীয় ভোটব্যাংকে রূপ নিতে পারেনি। বিএনপি ও জামায়াতের মতো সুসংগঠিত রাজনৈতিক শক্তির সঙ্গে প্রতিযোগিতায় টিকে থাকার মতো রাজনৈতিক ভিত্তি দলটি এখনো গড়ে তুলতে পারেনি।"

১৯৮৭ সালে প্রতিষ্ঠার পর এই প্রথম জাতীয় সংসদে একজন প্রতিনিধি পাঠানোর সুযোগ পেল ইসলামী আন্দোলন বাংলাদেশ।